消毒是为了杀灭病原体，病鸡的排泄物及其污染物要严格消毒。环境、人员的衣服和鞋都要消毒。消毒方法可分为机械清除、物理消毒、化学消毒和生物热消毒。机械清除主要是彻底清扫、洗刷和通风等手段，是消毒工作最先进行的步骤。物理消毒是用高温、阳光、紫外线等方法杀灭病原体。注射器、工作服等可进行高温高压灭菌， 工作室、鸡舍可采用紫外灯照射消毒。清洗后的养鸡设备用紫外线消毒效果也很好。化学消毒是用化学消毒剂抑制或杀灭病原微生物。目前化学消毒剂种类很多。生物热消毒可将鸡粪中的病原微生物杀灭，将粪便堆积发酵，利用粪便中嗜热菌发酵产热，可使温度达到 70 ℃ 以上，将粪便无害化。

鸡舍、料槽、水槽及带鸡消毒可选用氧化剂类如过氧乙酸、高锰酸钾。百毒杀、漂白粉、优氯净，作用广泛，应用也较普遍鸡舍、消毒池可选用火碱、生石灰。表面活性剂如新洁尔灭、洗必泰杀菌作用强，无制激性，常用做皮肤、器械消毒。

同一种消毒药针对不同病原以及在不同条件下，可能消毒效果差异较大。消毒时要考虑不同病原的敏感性。如病毒对碱类比较敏感，而对酸类有较强抵抗力。同一病原多次接触相同消毒药，可能敏感性会下降。所以购买消毒药时最好是儿类消毒药轮换使用。消毒药液的有效浓度和灭菌能力有直接关系。 使用时要考虑按推荐浓度稀释。环境中的有机物影响消毒效果，山于环境中的有机物可与多数的消毒药形成不溶性蛋白化合物，减少了药物与病原的接触，减弱药物的杀菌作用，影响消毒效果。另外，温度高时消毒效果要比低温时好。

肉鸡场的消毒要做好场区、鸡舍、鸡体和工作服等方面工作。鸡场场区出人口设立固定的消毒设施，用火碱消毒池或紫外线灯或喷雾消毒设备，对进人场区的车辆和人员进行消毒。定期或随时在整个场区进行喷洒消毒。鸡舍消毒时应把前批鸡用过的能移动的设备全部搬出鸡舍彻底刷洗干净，打扫舍内污物，冲洗墙壁，用化学消毒剂喷洒，然后进行熏蒸消毒，以杀灭缝隙和空气中的病原微生物。带鸡消毒在养殖期内经常使用，是将消毒药品直接饮喂、气雾或喷洒在鸡体上，以消毒鸡体，杀灭病原体，防止疾病的发生。主要是调整好药物浓度。工作服和手的消毒，可用新洁尔灭药液授泡，然后用清水冲洗。